Le label "Refuge LPO" est un agrément mettant en valeur des espaces publics ou privés (de particuliers ou de personnes morales) qui préservent et développent la biodiversité tout en offrant à l'homme une meilleure qualité de vie. Dix sites de la ville de Bordeaux, gérés de façon écologique et ayant fait l'objet d'études diagnostic et de recommandations de gestion par la LPO, ont reçu cette labellisation en décembre 2012. Il s'agit du Parc Bordelais, du Jardin Public, du Parc Rivière, du Jardin de la Béchade, du square Brascassat, du jardins de la Visitation, du jardin des Dames de la Foi, du Parc Monséjour, du parc des Berges, du parc du Nord et du Parc aux Angéliques.
Depuis la signature de la convention signée en 2009 avec la LPO, la Ville a posé 208 nichoirs à oiseaux dans les arbres de ses principaux parcs afin de favoriser la nidification de plusieurs espèces qui sont de précieux auxiliaires dans la lutte biologique : mésanges, rouges-queues, sittelles, grimpereaux, rouges-gorges, gobes mouches, etc. Elles permettent l'abandon des produits chimiques contre les insectes ravageurs et participent au maintien de la biodiversité dans les parcs et jardins de la ville. Cette intervention s'inscrit dans l'Agenda 21 de Bordeaux : préserver les espèces locales et leur habitat (action 18).