De l’ordre de 700 000 pièces, les collections du musée d’Aquitaine sont distribuées en trois grands domaines : archéologie, histoire et ethnographie. Exposées sur 5 000 m2, elles sont présentées selon un parcours chronologique et thématique qui privilégie, selon les cas, la métropole, le bordelais ou les différents départements de l’Aquitaine. Une grande partie des œuvres est également abritée dans des réserves qui occupent 8 000 m2 du bâtiment.
Le Musée présente, à partir de mai 2009, un nouvel espace permanent, "Bordeaux, le commerce atlantique et l'esclavage", à l'occasion de la commémoration nationale de l'abolition de l'esclavage. Consacré au développement sans précédent de la ville de Bordeaux au 18e siècle, ce nouveau parcours muséographique de 750 m2 (4 salles) met en évidence l'importance du commerce atlantique et les échanges avec les Antilles. Il montre aussi comment la traite négrière et l'esclavage ont assuré une part de la prospérité de tous les ports d'Europe de l'ouest pendant près de deux siècles.
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