Premiers chrétiens et invasions (5e s. / 12e s.)

Les Wisigoths démolissent
la cathédrale Saint-André.
Gravure extraite de
La Vie de Saint Delphin
par le Père de Moniquet, 1893.

Au début du 5e siècle, l'Empire romain d'Occident est menacé par la vague des Huns, conduits par Attila depuis l'Asie centrale. Poussés par ces envahisseurs, les peuples germaniques abandonnent leurs terres et se déplacent à leur tour vers l'Ouest. En 406, les Vandales traversent le Rhin et envahissent la Gaule. Ils arrivent à Burdigala, à l'automne 408, dévastent le pays, avant de continuer leur chemin vers l'Espagne.

Après avoir pillé Rome en 410, les Wisigoths entrent à leur tour en Aquitaine et investissent Burdigala en 414. Ils négocient la paix avec l'empereur romain Honorius, qui leur offre, en 418, le Sud-Ouest de la Gaule, en échange de leur aide contre les Huns. En 475, Euric, roi des Wisigoths, arrache l'indépendance de son royaume à l'Empire romain moribond. Le territoire Wisigoth, s'étend alors de la Loire au sud de l'Espagne, avec Tolosa (Toulouse) comme capitale. Euric séjourne souvent à Burdigala avec sa cour.

Pour chasser les Wisigoths, les évêques aquitains en appellent au chef des Francs, Clovis, qui s'est converti au catholicisme. En 507, il fait une entrée triomphale à Burdigala avec son armée, après avoir vaincu Alaric II à Vouillé, près de Poitiers. Clovis passe l'hiver dans la ville avec son armée avant de chasser définitivement les Wisigoths au delà des Pyrénées. Il meurt en 511, laissant l'ébauche d'un royaume que ses descendants, les Mérovingiens se disputent plusieurs générations durant.

Sarcophage à décor végétal

Vers la fin du 6e siècle, les Vascons, originaires de l'actuelle Navarre espagnole, franchissent les Pyrénées et lancent des raids en territoire mérovingien. Ils sont tenus en respect par Charibert, tout nouveau roi d'Aquitaine. Son assassinat à Blaye en 631, marque un bref retour de son domaine dans le royaume franc en tant que duché héréditaire, car, en 673, l'Aquitaine redevient indépendante.

Dans ce chaos, l'Eglise est passée sans heurt des prélats gallo-romains aux évêques francs. A la fin du 7e siècle, Burdigala compte au moins neuf édifices de culte. A l'intérieur de son enceinte : la cathédrale, la basilique Sainte-Marie, la basilique Saint-Pierre et l'église Saint-Rémi. A l'extérieur : l'ancienne église-cathédrale Saint-Étienne, la basilique Saint-Martin de la Montagne Judaïque, la première basilique Saint-Seurin, les monastères de Sainte-Croix et de Sainte-Eulalie.

En 720, les Arabes franchissent les Pyrénées. Le duc d'Aquitaine Eudes les vainc à Toulouse, mais ne peut contenir la progression de l'armée d'Abd-al-Rahman, qui pille Bordeaux en 732, avant d'être arrêtée près de Poitiers par Charles Martel. En 781, Charlemagne fait de l'Aquitaine un royaume qui va du Rhône à l'Atlantique. Il nomme un représentant à Bordeaux : le comte Seguin. En 844, Bordeaux voit arriver les drakkars des Vikings sur la Gironde. Ils sont repoussés une première fois, puis une seconde en 845, mais en 848 la ville est prise, incendiée et sa population est massacrée.
En 877, l'Aquitaine se scinde en deux : un duché de Gascogne au sud de la Garonne et un duché d'Aquitaine, qui s'étend à la Saintonge et au Poitou avec Bordeaux comme capitale. Les comtes d'Auvergne, de Toulouse et de Poitiers se querellent. En 973, Guillaume Fièrebrace, comte de Poitiers, se fait reconnaître le titre de duc d'Aquitaine par le roi de France, Hugues Capet. A la fin du 9e siècle, l'Aquitaine, prise en main par les familles comtales et ducales, s'éloigne du royaume.
En 1032, le duc de Gascogne Sanche-Guillaume étant mort sans héritier mâle, son héritage passe à la dynastie des comtes de Poitiers. Bordeaux devient alors la principale ville, sinon la capitale, d'une grande Aquitaine allant de la Loire aux Pyrénées.

Au cours du 11e siècle, l'Église profite d'une paix relative pour organiser le diocèse de Bordeaux. Deux tiers des églises de la ville remontent à cette période. L'abbaye de la Sauve-Majeure est édifiée à la fin de ce siècle sur le plateau de l'Entre-deux-Mers et connaît un exceptionnel rayonnement. Elle est à la tête d'importants prieurés dans le diocèse de Bordeaux, de possessions sur la rive droite de la ville et de maisons, entre autres, dans le quartier de la Rousselle. C'est certainement à cette époque qu'apparaît le château ducal de l'Ombrière, qui est plusieurs siècles durant, l'un des centres de pouvoir de la ville.