Portant l’empreinte de leur histoire, ces collections encyclopédiques reflètent la diversité et la richesse du noyau humaniste hérité de l’ancienne Académie de Bordeaux, foyer d’échanges intellectuels rayonnant dans l’Europe des Lumières.
Le dépôt littéraire constitué pendant la Révolution l’a augmenté de quelques cent mille ouvrages que le premier bibliothécaire, Jean-Baptiste Monbalon, a organisé en cinq sections méthodiques, selon le plan de classification dit des « Libraires », qui sera utilisé jusqu’au début du 20ème siècle, marqué par l’apport massif des confiscations consécutives à la loi de Séparation de l’Eglise et de l’Etat (1905).
Les premiers catalogues systématiques établis par ses soins, imprimés à partir de 1830 et complétés ultérieurement par trois volumes de suppléments pour les séries Belles-Lettres, Histoire, Sciences et Arts, permettent d’apprécier l’intérêt bibliographique et bibliophilique de ces collections.
- Les fonds Belles-Lettres et Histoire, de loin les plus abondants, se distinguent par des raretés éditoriales. On citera, pour exemple, les spécimens issus des presses des Alde à Venise, les éditions originales d’écrivains bordelais introuvables ailleurs, les recueils de Mazarinades, les brochures révolutionnaires.
- Les Sciences et Arts, offrent un superbe échantillon des grands traités de zoologie et de botanique ( Buffon, Redouté…), d’architecture ( Vitruve, Palladio, Perrault) richement illustrés, les éditions complètes des grandes encyclopédies (Diderot, Panckoucke…).
- Le Fonds Théologie, en partie hérité des Jésuites, est réputé pour ses bibles polyglottes, les grands traités moraux et d’éducation du 17ème siècle, et pour les éditions rares de manifestes ou pamphlets témoins des grandes controverses religieuses (16ème - 17ème siècle).
- La Section Jurisprudence, à l’image de l’importante activité parlementaire de Bordeaux au cours des siècles présente de nombreuses études doctrinales. Elle est renforcée par une importante collection de « factums ».