Bordeaux abrite également des scènes plus confidentielles : une scène jazz très active et d'excellent niveau, principalement diffusée au Caillou du Jardin Botanique et à Cenon, au Rocher de Palmer, une nouvelle scène de musiques électroniques de qualité, incarnée par de nombreux collectifs, et structurée autour de l'I-Boat, et du BT59. Une scène hip hop originale s'est également fédérée autour de l'initiative exemplaire de la Rock School Barbey "Musiques et quartiers", et une multitude d'initiatives sont en cours de structuration.
Avec un Opéra National, un Conservatoire de région, de nombreux lieux d'apprentissage et un tissu associatif très actif, la musique classique, la musique contemporaine et la musique ancienne sont également très présentes dans la vie culturelle bordelaise depuis de nombreuses années. Bordeaux compte un ensemble baroque national, l'ensemble Pygmalion, plusieurs ensembles contemporains conventionnés (Ensemble Proxima Centauri, Compagnie Le Grain, Compagnie Eclats) et nombre de jeunes Eesembles de talent (Les Surprises, ensemble Baroque Atlantique, Les Caprices de Marianne...).
La municipalité participe activement au dynamisme des musiques classiques par son soutien aux projets de création et aux stratégies d'animation du territoire et de rayonnement national et international de l'Opéra et des ensembles professionnels. Une attention particulière est également apportée aux ensembles semi-professionnels et aux projets de création contemporains (Ensemble UN).