Depuis 2009 la ville de Bordeaux est engagée dans la protection des oiseaux et leur maintien en milieu urbain. Pour la réussite de cette action 240 nichoirs en béton de bois ont été installés sur 11 parcs et jardins emblématiques de la ville (Parc Bordelais, Jardin Public, Parc Rivière, Jardin de la Béchade, jardin de Brascassat, jardin de la Visitation, jardin des Dames de la Foi, Parc Monséjour, parc des Berges du Nord, Parc aux Angéliques et place des Martyrs de la Résistance) pour accroitre les effectifs en fort déclin.
Les espèces retenues (mésanges, rouges-queues, sittelles, grimpereaux, rouges-gorges, gobes mouches) sont des précieux auxiliaires dans la lutte biologique. Elles permettent l'abandon des produits chimiques contre les insectes ravageurs et participent au maintien de la biodiversité dans les parcs et jardins de la ville. D'autres, comme la chouette hulotte, limitent la présence de petits rongeurs.
Les inventaires des espèces et le suivi de nidification sont réalisés en partenariat avec la LPO (Ligue de Protection des Oiseaux) qui accorde le label "Refuge LPO" agrément mettant en valeur des espaces publics ou privés (de particuliers ou de personnes morales) préservant et favorisant la biodiversité tout en offrant à l'homme une meilleure qualité de vie. Dix sites de la ville de Bordeaux, gérés de façon écologique et ayant fait l'objet d'études diagnostic et respectant les recommandations de gestion par la LPO ont été certifiés. D'autres espaces parfois inattendus comme le cimetière de la Chartreuse sont en attentes de certification.